Клітинна оболонка характеризується тим, що її склад може змінюватися, коли за однією фазою зростання настане інша, або в залежності від типу росту (наприклад, гіфальний, дріжджоподібний, тощо). Властивості оболонки визначаються сукупністю функцій клітини гриба, особливостями контакту її з навколишнім середовищем. Склад клітинної оболонки у різних видів відрізняється. Вона буває хітиново-глюкановою, целюлозно-хітиновою. Її основний структурний елемент - це хітин (азотовмісна речовина). Причому в деяких грибів хітин може становити близько 60% сухої маси оболонки. У деяких грибів, наприклад, у мукоральних, в оболонку входить хітозан. Найчастіше клітинна оболонка представлена декількома шарами, що забезпечує її міцність. На її поверхні виявляються деякі ферменти. Клітинна оболонка визначає форму органів розмноження гриба і вегетативних клітин гіф.
Протопласт є сферичним утворенням клітини, в якому здійснюються метаболічні процеси. Також його характеризує здатність до регенерації. Протопласт і клітинна оболонка розділені плазмалемой. Це мембрана, побудована з білків і ліпідів. Її основна функція - налагодження режиму надходження розчинів з клітки в навколишній світ і навпаки. Даний кругообіг речовин може бути як активним, так і пасивним. У протопласті добре помітні ядро і цитоплазма.
Цитоплазма містить різні органели. Це рибосоми, ендоплазматична мережа, мітохондрії, тощо. Особливі надмолекулярні агрегати в цитоплазмі (мікротрубочки, мікрофіламенти) утворюють цитоскелет клітини. На відміну від клітин рослин, у грибів ендоплазматична мережа погано розвинена, а в мітохондріях крісти більш сплощені. Також тільця Гольджі, які відіграють велику роль в утворенні клітинної стінки у рослин, виявляються лише у рідкісних видів грибів. Особливість протопласта клітини грибів - наявність ломасом. Це прозорі тільця губкоподібної форми, функція яких досі невідома.
Ядро у переважної більшості грибів відносно маленьких розмірів, округле, з подвійною мембраною. Розташоване в центральній частині або у клітинної оболонки. У клітинах гіф може бути одне або декілька ядер. Головна функція ядра - копіювання РНК і транспортування генетичного коду в цитоплазму за допомогою РНК. Характерною особливістю ядер клітин грибів є їх властивість переміщатися з однієї клітини в іншу. Цікавий такий факт: у грибів після поділу ядра перегородка між розділеними клітинами може сформуватися пізніше, що призводить до утворення багатоядерних клітин.
